赤山禪院位于吉祥平安谷西側，仿唐式建筑，主要由圓仁入唐求法館和赤山閣兩大部分組成，占地1. 6萬平方米，建筑面積3000多平方米。其中圓仁入唐求法館共設五個展廳，分別是“心慕佛乘、苦海船筏、慈覺大師、求法巡禮、功成圓滿”，主要展示了隋唐佛教發展史、圓仁法師入唐求法以及回國后在日本建立赤山禪院的過程。禪院依山而建，肅穆莊嚴，亭榭樓臺，氣勢宏偉，非常壯觀。圓仁，鑒真大師的三世徒孫。在中國的近十年間，他的足跡遍布了江蘇、山東、河北、山西、陜西、河南、安徽等七個省。一路上，他受灌頂，學梵文、漢文及法華顯教，真言密教，寫經卷及畫曼荼羅功德幀，孜孜不倦，竭力受學。同時他也廣泛接觸了當時中國的上下官吏、僧侶、百姓，親眼目睹了發生在那個時代的故事，這十年的經歷在其后來歸國寫成的《入唐求法巡禮行記》一書里都有充分體現。
圓仁入唐求法館第一展廳 心慕佛乘
佛教傳入中國后迅速形成規模，到唐朝達到鼎盛時期，各國紛紛派使者入唐學習，圓仁就是這個時期比較有代表性的一個人物。展廳中的一幅畫像就是圓仁法師，是由煙臺籍著名畫家劉澤文所畫，我們可以從不同的角度去看一下圓仁法師的這幅畫像，可以發現無論從哪個方向看，圓仁的眼睛都是注視著我們的。圓仁出生于公元794年，9歲出家，15歲到比叡山拜最澄法師為師，最澄圓寂之后，留下許多不懂的佛教教義，于是圓仁決定入唐求法。從公元七世紀初至九世紀末約264年的時間里，日本為了學習中國文化，先后向唐朝派出十九次遣唐使團。圓仁于公元836年、837年、838年三次乘坐日本遣唐使的船只入唐求法，前兩次均失敗，第三次跟隨藤原常嗣率領的第十八次遣唐使終于成功到達揚州。
第二展廳 苦海船筏
展廳中的一幅地圖描繪了圓仁入唐求法的路線，公元838年，圓仁法師到達揚州，因為沒有通關文牒無法留唐，唐朝政府要求他回歸本國，于是圓仁法師乘坐船只準備回國，當船行駛到赤山浦時，船只受損，在赤山浦修船，圓仁法師來到赤山法華院，在法華院居住了8個月的時間，在張保皋大使的幫助下，取得了通關文牒，踏上了去五臺山、長安求法的旅程。圓仁在長安求法長達4年多的時間，親眼目睹了會昌法難，要求外國僧人也必須回歸本國，并且要“從何而來，從何而歸”，于是圓仁又來到赤山浦，這是他第二次來到法華院，此時，法華院已經被拆毀了，他被安排住在法華院寺莊里，他聽說明州（現在的浙江寧波），有一艘船只要去日本，于是他準備去明州坐船，當他到達楚州（現在的江蘇淮安）的時候，聽當地的官員說船只已經開走了，又聽說新羅人金珍的船只在嶗山相待，于是在當地官員的安排下，乘船去追金珍的船，當他走到乳山時，終于趕上了船只，乘坐船只來到赤山浦，這是他第三次來到赤山浦，于公元847年，圓仁法師終于回到了日本。
第三展廳——慈覺大師：
圓仁入唐求法館是由中日友好協會會長宋健題寫。我們看到的鎏金坐像就是圓仁法師，圓仁法師回國后著述了一本《入唐求法巡禮行記》，是以日記的形式記載他在中國的所見所聞，后方的墻壁上的紫銅壁畫就是這本書中有關于赤山法華院的描述。《入唐求法巡禮行記》是圓仁用漢文(文言文)寫的一部日記體著作，記錄了他入唐求法期間的所見、所聞、所感，從公元838年7月開始寫起，一直寫到公元848年1月，總共597篇，八萬多字，分為四卷，是研究唐代中國政治、經濟、文化、宗教、民俗、語言、對外關系的珍貴史料，被譽為“東洋學界至寶”。美國歷史學家、外交家賴肖爾于1955年將《入唐求法巡禮行記》翻譯成英文版并發行。
我們看到的這一組蠟像人物栩栩如生，是由中國第一蠟像人爾寶瑞先生所做。是圓仁在法華院拜見當時的法華院主持法清大師的場景。
由于圓仁私自留住法華院不合政府規定，這組蠟像正是圓仁法師連夜向唐政府書寫公文的場景。
在法華院居住的8個月的時間內，圓仁法師參加了講經、誦經等重要的佛事活動。法華院的圣林和尚告訴圓仁五臺山有位高僧志遠和尚，可以向他請求解疑，而且到五臺山路途比較近。于是，圓仁于公元840年離開了法華院，踏上了前往五臺山及長安求法巡禮的旅程。
第四展廳——求法巡禮：
展廳中一幅工筆畫講述的是圓仁法師前往五臺山的途中，經過龍興寺和醴泉寺時，曾在那里過夜。
大家可以看到兩幅畫和蠟像展示的是圓仁一行一路向西，跋山涉水、風餐露宿非常艱辛，而且因為連年災禍，糧食歉收，他們只能以橡子面充饑，沒有住宿的地方甚至留宿破廟，經過四十多天的長途跋涉，行程兩千三百余里，終于到達五臺山。在五臺山圓仁拜見了志遠和尚，當志遠和尚告知圓仁“天臺山已決此疑，不宜再做解答”時，圓仁感到非常迷茫，大家看到這幅圖展示的就是圓仁法師于夜空下祈求文殊菩薩指點迷津。朦朧中文殊菩薩現身，囑其到長安繼續巡禮求法。在長安期間，有一天圓仁做夢夢到赤山明神，明神賜他一桿秤，“此是秤定三千大千世界之秤也”，圓仁回想起他在法華院期間受到法華院眾僧的幫助，深感欣慰。圓仁到達長安城書文官府，官府批準其寄住城中寺舍，研究佛法。圓仁就拜訪各個寺院。在長安停留的時間里，圓仁攜帶的未解教義得以解答，而且對佛教也有了更深刻的認識。在此期間圓仁還參加了為慶祝會昌登基而舉行的法會。
最后這幅圖片是圓仁在長安的清龍寺接受灌頂拋花的情景。圓仁在長安呆了四年多的時間，這期間他的弟子惟曉在長安病逝。唐武宗即位后也帶來了佛教空前的劫難——會昌法難，朝廷下令拆毀所有佛教寺院、燒毀佛經、勒令僧侶還俗、同時要求遣回外國僧人，圓仁也因此被迫要離唐歸國。
第五展廳——功成圓滿：
圓仁三到赤山，在此剃頭，再披淄服，于公元847年，從赤山浦東渡歸國。當船途經鏌铘島附近時，忽遇風浪，危難之時，圓仁叩拜赤山明神，請求救助，明神現身施法，頓時海面風平浪靜，圓仁一行平安歸國，大家看到其中一幅圖展示的就是赤山明神顯身施法的情景。圓仁法師于公元864年圓寂，享年70歲，清和天皇賜予“慈覺大師”的謚號，大家看到這組蠟像展示的是圓仁法師在圓寂之前叮囑弟子們在日本修建赤山禪院供奉赤山明神的情景，圓仁能夠順利歸國，得益于赤山明神的多次相助，但他曾許諾要在日本建院供奉明神的愿望一直沒有實現。在圓寂前，留下遺愿，囑咐弟子建赤山禪院，供奉明神。他的高足安惠于公元888年開始籌建赤山禪院，很快形成規模，成為京都七大古寺之一。赤山明神既是日本佛教天臺宗的保護神，也被日本人民視為保障生命財產的保護神。
赤山閣高34米，共分三層，主要展示了博大精深的佛教文化。一層塑有釋迦牟尼佛像，二層塑有鑒真像，三層塑有觀音菩薩像。此外赤山閣還有多幅壁畫，壁畫分為三部分：一樓為《釋迦牟尼八相成通》；二樓為《中國高僧傳》；三樓為《中國四大菩薩》。
登上赤山閣三樓，可眺碧海藍天、翠巒奇谷，可聆聽鳥韻交啼，可聞賞百卉異香。此時此刻，赤山的美景將盡收您的眼底！站在這里，您一定會有“會當凌絕頂，一覽眾山小”的豪壯之感。